APECには5つの運営メカニズムがある。

　（一） 非公式首脳会議：1993年11月にアメリカのシアトルで初会合の後、年に一回開かれている。これまでアメリカのシアトル、インドネシアのボゴール、日本の大阪、フィリピンのスービック、カナダのバンクーバー、マレーシアのクアラルンプール、ニュージーランドのオークランド、ブルネイのバンダルスリブガワン、中国の上海、メキシコのロスカボス、タイのバンコク、チリのサンティアゴ・デ・チレ、韓国の釜山（プサン）、ベトナムのハノイ、オーストラリアのシドニー、ペルーのリマ、シンガポール、日本の横浜、アメリカのハワイ、ロシアのウラジオストク、インドネシアのバリ島などで開かれたことがある。

　（二） 閣僚会議：閣僚会議は毎年首脳会議の前に一回開催する。そのほかには定期的あるいは不定期に貿易、財務、中小企業、エネルギー、海洋関連、鉱業、電気通信、観光、食糧安全保障、林業など分野別担当大臣会合が開かれる。

　（三） 高級実務者会合：毎年3回か4回会議が開かれる。各参加メンバーの高級実務者（次官級）によって構成される。任務は首脳と閣僚会議の決定を実施し、各委員会などの活動を審議し、閣僚会議や非公式首脳会議の開催に向けて準備をすることだ。

　（四） 委員会：高級実務者会合の下には、貿易・投資委員会（CTI）経済委員会（EC）、経済・技術協力運営委員会（SCE）、財政管理委員会（BMC）という4つの委員会が設置されている。CTIはおもに貿易と投資の自由化に関する高官会合の内容、ECは本地域における経済発展趨勢と問題の研究や経済構造改革の内容、SCEは経済技術協力の指導、BMCは予算と行政管理などの問題をそれぞれ担当している。各委員会には多くの作業グループや専門家チーム、委員会などが設置され、業務は細分化されている。

　（五） 事務局：1993年1月にシンガポールで設立され、APECにサポートおよびサービスを提供している。最高責任者の任期は2010年から3年間と定められた。現職の最高責任者はニュージーランドの経済学者であるアラン・ボラード博士。